Κατά της κατασκευής του Κ.Υ.Τ. είχε προσφύγει στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο, η περιφέρεια Βορείου Αιγαίου, ζητώντας την ακύρωση των σχετικών αποφάσεων. Η αίτηση της περιφέρειας έγινε δεκτή από το Έ Τμήμα του ΣτΕ, το οποίο με την υπ΄ αριθμόν 1335/2023 απόφασή του, ακύρωσε την αδειοδότηση του έργου λόγω έλλειψης περιβαλλοντικής μελέτης και παράλληλα, ακύρωσε την έγκριση επέμβασης σε δασική έκταση 21.011 τ.μ. προκειμένου να κατασκευαστεί ο δρόμος πρόσβασης στη δομή πλάτους τουλάχιστον 8 μέτρων μέσα σε δασική έκταση.

Η προγραμματισμένη δομή έκτασης περίπου 240.100m2 είχε προβλεφθεί αρχικά να είναι χωρητικότητας συνολικά 5.000 ατόμων οι οποίοι θα είχαν εισέλθει στην ελληνική επικράτεια χωρίς τις νόμιμες προϋποθέσεις, ωστόσο, με νεώτερη απόφαση (109921/17.5.2021) προβλέφθηκε ότι η δομή θα φιλοξενεί 65.000 πρόσωπα.

Η Περιφέρεια Βορείου Αιγαίου, στην προσφυγή της υποστήριζε ότι το έργο δεν πληροί τις προϋποθέσεις νομιμότητας σύμφωνα με την ισχύουσα δασική και περιβαλλοντική νομοθεσία και ότι η έκταση που πρόκειται να κατασκευαστεί η εν λόγω δομή είναι σε προστατευόμενη περιοχή Natura 2000 και παράλληλα προστατεύεται από την δασική νομοθεσία.